Dr. Aafia Siddiqui ble født 12.mars 1972 som en av tre søsken. Hun er datter av Muhammad og Ismet Siddiqui. Hennes far er lege med utdannelse fra England. Aafia er selv mor til tre barn.
Aafia flyttet til Texas i 1990 for bo nær sin bror. Etter et år ved University of Houston fikk hun plass ved det prestisjetunge MIT i Boston. Hun giftet seg med Muhammad Amjad Khan, den gang en medisinstudent, og fortsatte deretter sine studier ved Brandeis University i cognitive neuroscience. Hun avsluttet sine studier med en doktorgrad og var blant de fremste i verden i sitt felt.